정부, 반도체 등 국가핵심기술 R&D 중소기업에 40% 이상 세액공제 추진

홍 부총리 지난 6일 "별도 트랙 신설, 세액공제 확대 검토"… 대기업도 세제혜택 확대 기대감

홍남기 경제부총리가 6일 오전 경기도 성남시 수정구 판교 시스템반도체 설계지원센터에서 열린 제9차 혁신성장 BIG3 추진회의를 주재하고 있다. 연합뉴스

정부가 반도체 산업을 비롯한 국가핵심기술에 대한 세제 혜택을 확대할 방침이다.

이에 따라 대기업은 30%, 중소기업은 40%를 넘는 세액공제율을 적용받게 될 것으로 보인다.

9일 기획재정부에 따르면 정부는 기업 대상 세액공제 가운데 국가핵심기술(가칭) 트랙을 신설해 기업의 연구개발(R＆D) 투자에 세제 혜택을 대폭 주는 방안을 검토하고 있다.

현행 조세특례제한법에 따르면 정부는 기업의 연구·인력 개발비, 사업시설 투자 비용에 일정 비율(공제율)을 곱한 금액을 세금에서 감면한다.

디지털·그린 뉴딜 등 신성장 원천기술 관련 투자에 대해선 일반 투자보다 높은 기본 공제율을 적용한다.

일반 R＆D 투자는 대기업 기준 공제율이 2%이나 신성장 원천기술 투자의 경우 대기업·중견기업은 투자 비용의 최대 30%(추가 공제율 10% 포함), 중소기업은 최대 40%까지 세액공제를 받을 수 있다.

신성장기술 사업화 시설에 대한 투자도 대기업 3%, 중견기업 5%, 중소기업 12%의 우대 공제율(일반 공제율+2%포인트)이 적용되며, 직전 3년 평균 투자액을 초과하는 금액에 대해서는 추가 공제 혜택도 제공한다.

국가핵심기술에는 신성장 원천기술보다도 높은 공제율을 적용하는 상위 트랙을 도입할 수 있다는 게 정부의 구상으로, R＆D 투자 기준 대기업은 투자비의 30%, 중소기업은 40%를 넘는 세액공제를 기대할 수 있다.

상대적으로 세제 혜택이 적은 삼성전자, SK하이닉스 등 대기업도 추가로 혜택을 볼 수 있을 것으로 보인다.

홍남기 국무총리 직무대행 겸 경제부총리는 지난 6일 혁신성장 빅(BIG)3 추진 회의에서 반도체 투자 정책 과제를 발표하며 "일반, 신성장 원천기술 이외의 별도 트랙을 만들어 R＆D와 시설투자에 대한 세액공제 확대를 검토하겠다"고 밝힌 바 있다.

다만 반도체 산업에 대해서만 세액공제를 확대하면 세계무역기구(WTO) 보조금 협정을 위반하게 될 우려도 제기된다.

협정은 회원국이 무상 지원, 세액공제 등 보조금을 특정 기업 또는 산업에 차별 지급하는 경우 금지 보조금 또는 조치 가능 보조금으로 간주한다.

이에 정부는 포괄적인 국가 핵심 산업·기술에 대한 세제 지원을 마련하되 반도체 산업 지원이 가능하도록 간접적인 방식을 택할 가능성이 나온다.