이재명 정부, 부동산 세제 전면 개편 착수

취득·보유·양도 묶는 '총 세부담 체계' 검토
농지·임야·비업무용 토지까지 과세 강화 대상

경기도 하남시 검단산 정상에서 바라본 서울 강동구와 광진구 일대 아파트 단지 모습. 2026.6.6. 홍준표 기자

부동산 취득부터 보유, 양도까지 전 과정의 세 부담을 하나의 틀로 묶는 세제 개편이 추진될 전망이다.

9일 관계당국 등에 따르면 정부는 주택 취득세와 재산세·종합부동산세 등 보유세, 양도소득세를 연계한 '총 세부담' 체계로 과세 구조를 전면 재설계하는 방안을 검토하고 있다. 개별 세목을 따로 조정하던 기존 방식에서 벗어나 전체 과세 구조를 재설계하겠다는 취지다.

이재명 대통령도 전날 열린 취임 1주년 기자회견에서 "우리나라 보유세는 대체로 낮다"며 "서구 선진국만큼 보유 부담을 갖게 하는 것이 맞겠다"고 말했다. 이 대통령은 또 "거주 목적의 주택 보유는 보호해야 하지만 부동산이 사치품이나 투기 수단이 된다면 그에 맞는 부담이 필요하다"고 강조했다.

개편 방향은 실거주 중심 과세 원칙의 전면화다. 장기보유특별공제는 단순 보유에 따른 공제 혜택은 줄이고 실제 거주 기간에 대한 공제 비중을 높이는 방식으로 손질될 가능성이 크다. 보유세 개편도 주요 관심사다. 시장에서는 재산세와 종합부동산세의 과세표준 구간 조정과 함께 공정시장가액비율 상향도 유력한 카드로 거론된다. 공정시장가액비율을 높이면 세율 인상 없이도 과세표준이 커져 사실상 보유세 부담이 늘어나는 효과가 있다.

개편 대상은 주택에 그치지 않을 전망이다. 정부는 8년 이상 자경 농지에 양도세를 100% 감면하는 제도를 조세특례 심층평가 대상으로 선정해 연장·축소·폐지 여부를 검토 중이다. 기업 보유 비업무용 토지에 대한 과세 강화 방안도 들여다보고 있다.

정부는 이달 말 세법 개정안 기본 방향을 공개할 예정이다.

경기도 하남시 검단산 정상에서 한 남성이 서울 강동구와 광진구 일대 아파트 단지를 바라보는 모습. 2026.6.6. 홍준표 기자