가업상속공제를 할 때 개인기업과 법인기업의 적용방식이 다르다. 개인기업 즉, '소득세법'을 적용받는 가업재산은 가업에 직접 사용되는 토지, 건축물, 기계장치 등 사업용 자산의 가액에서 해당 자산에 담보된 채무액을 뺀 가액을 적용한다. 따라서 사업무관자산은 문제가 되지 않는다. 그러나 법인기업 즉, '법인세법'을 적용받는 가업재산은 가업에 해당하는 법인의 주식 등의 가액 중 상속개시일 현재 사업무관자산을 제외한 자산가액이 차지하는 비율을 곱해 계산한 금액을 적용한다.
'사업무관자산'이란 업무와 관련이 없는 자산으로 ▷임대부동산 ▷과다보유현금 ▷법인의 영업활동과 직접 관련이 없이 보유하고 있는 주식, 채권 및 금융상품 등을 말하는 것으로 영업활동과 관련이 없는 자산에 대해서는 세제혜택을 주지 않겠다는 것이다.
사업무관자산은 가업승계를 적용할 때 세금에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 재무제표의 자산 중 면밀한 검토가 필요하다.
사업무관자산 중 가장 논란이 되는 것이 법인이 소유한 자회사의 주식이다. 국세청 예규에 따르면 가업에 해당하는 법인이 보유 중인 자회사가 발행한 주식은 가업상속재산이 아닌 사업무관자산에 해당해 가업상속공제 적용 대상이 안 된다고 해석했다. 그러나 최근 조세심판원 및 법원의 판례는 기존 국세청 예규와 달리 자회사의 주식을 보유하게 된 경위, 목적, 지분율, 모회사와의 영업활동 관련성 등을 종합적으로 판단해 사업무관자산 여부를 판단하고 있다.
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