대구 온 한국사학진흥재단 '법인세 194억'

공익 목적 '행복 기숙사' 건립 사업, 대구국세청 '수익사업'으로 판단

"법인세 부과는 재단 설립 28년 만에 처음입니다. 이전까지 세무조사를 한 서울지방국세청에서는 아무런 조치가 없었는데…."

2014년 3월 대구 혁신도시로 옮긴 한국사학진흥재단(이하 재단)이 세금 때문에 가슴앓이를 하고 있다. 지난해 5월 정기 세무조사에서 대구지방국세청이 재단의 공익사업을 수익사업으로 분류, 194억원의 법인세를 부과했기 때문이다.

1989년 설립된 재단은 교육부 산하 기타 공공기관이다. 주로 사립대학에 교육환경 개선을 위한 자금을 장기 저리로 융자하고, '행복 기숙사'를 건립해 대학생들의 공공 주거복지를 지원한다. 재단은 그동안 고유의 목적사업이 수익사업에 해당하지 않는다고 판단, 재단 설립 후 별도의 법인세를 납부하지 않았다. 서울지방국세청 역시 세무조사에서 별다른 지적을 하지 않았다.

하지만 대구지방국세청은 재단의 대구 이전 직후 실시한 세무조사에서 재단의 융자사업이 수익사업에 해당한다고 본 것은 물론 융자사업에서 발생한 이자소득에 대해 법인세를 과세했다. 또 2011년부터 2015년까지 5개년 사업연도의 법인세 194억원을 납부할 것을 고지했다.

재단 측은 이에 불복, 과세전 적부심사를 청구했지만 '불채택'되자 지난해 기획재정부 승인하에 정부 공공자금을 차입해 추징 세액을 납부했다. 아울러 법인세 추징 처분이 수익사업 여부에 관한 법령 해석상 이견에서 비롯됐다고 보고 조세심판원에 심판을 청구했다.

상위기관인 교육부 또한 재단의 쟁점 소득이 기획재정부와 국회의 관리하에 공익적 목적으로 사용되는 소득이라는 입장이다. 두 국가기관의 공공기금 활용에 대한 해석 차이로 국가 재원으로 국가 세금을 충당하는 기이한 구조가 만들어진 셈이다. 김규호 사학진흥재단 사무총장은 "공익기금의 선순환적 특성을 감안하지 않고 세수 확대만을 고려한 듯한 과세 일변도 행정"이라고 비판했다.

이에 대해 김갑순 동국대 교수(한국세무학회 회장)는 "비영리기관의 수익사업에 대해 법인세를 과세하는 취지는 같은 사업을 영위하는 경쟁자들과의 시장 경쟁에 있어서의 형평성을 침해하지 않기 위한 것"이라면서 "과세당국의 이번 조치는 공공기관의 공익성 및 사업 효율성을 제한해 본래 취지를 훼손할 수 있다"고 지적했다.