16대 국회 정원이 46명인 전국구 의원은 지역구선거에서 5석 이상의 의석을 차지했거나 유효투표 총수의 5% 이상을 득표한 정당(의석할당 정당)에 대해 지역구 선거에서 얻은 득표 비율에 따라 배분한다.
중앙선관위에 따르면 이같은 요건을 충족하지 못하고 지역구 선거에서 유효투표총수의 3% 이상, 5% 미만을 얻은 정당에는 1석씩을 배분한다.
전국구 의원 배분의 기준이 되는 정당의 득표비율은 당선인이 없는 지역구를 포함, 각 의석할당 정당의 득표수를 모든 의석할당 정당이 얻은 득표수의 합계로 나누고, 소수점 이하 다섯째자리를 반올림해서 산출한다.
비례대표 의석은 앞의 방법으로 산출된 각 정당의 득표비율에, 총 비례대표 의석수에서 득표율 3%이상, 5% 미만 정당에 배분하는 의석수를 뺀 수를 곱해서 나온수의 정수에 해당하는 의석을 먼저 각 당에 배분한다.
여기에서 잔여 의석이 나올 경우에는 소수점 이하 자리가 큰 순위에 따라 1석씩 배분한다. 소수점 이하의 수가 같을 경우에는 득표수가 많은 정당에 배분하며, 득표수도 같으면 추첨으로 배분한다.
예를 들어 유효투표 총수의 5% 이상을 차지한 의석할당 정당이 A, B, C, D 4개 정당이고 E당은 지역구 당선자를 내지 못했지만 유효투표의 4%를 얻었다면, 먼저 E당에 전국구 1석을 배정하고 나머지 45석을 4개 정당에 배정하는 것이다.
각 당에 배정하는 의석은 각 정당의 득표수를 4개 정당의 총 득표수로 나눈 수를 기준으로 정해진다. 이 수치는 무소속 후보와 유효투표의 5% 이상을 득표하지 못한 정당의 득표수는 제외되기 때문에, 각 정당의 실제 득표율보다는 높게 나타난다.
이렇게 해서 나온 A, B, C, D 각 당의 수치가 각각 0.4028, 0.3289, 0.1724, 0.0959이라고 가정하면, 여기에 45를 곱한 수치(18.126, 14.8005, 7.758, 4.3155)를기준으로 우선 A당 18명, B당 14명, C당 7명, D당 4명 등 43명을 배분한다.
잔여의석 2석은 소수점 이하 수치가 큰 순서에 따라 B당과 C당에 추가 배분, 최종 전국구 의석수는 A당 18명, B당 15명, C당 8명, D당 4명, E당 1석이 된다.
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