'부동산 팔아 연금 납입' 양도세 특례 내년 폐지

실효 낮은 조세 우대 일몰 처리 추진 진행
경기부 지원 체계 재정지출 방식으로 전환

서울 서초구 반포본동에 건설 중인 '디에이치 클래스트'의 모습. 현대건설이 반포주공1단지 1·2·4주구를 5천7가구의 대단지로 재건축하는 사업 현장이다. 2026.8.8. 홍준표 기자

부동산을 팔아 얻은 돈을 연금계좌에 넣으면 양도소득세 부담을 덜어주던 조세특례 제도가 내년 말 폐지된다.

12일 재정경제부의 '2026년 세제개편안' 상세본에 따르면 정부는 '부동산 양도금액 연금계좌 납입 시 양도세 과세 특례'를 내년 12월 31일 종료한다.

이 제도는 10년 이상 보유한 부동산을 처분한 기초연금 수급자(1주택 또는 무주택 세대)가 양도대금을 연금계좌에 넣을 경우, 납입액 1억 원 한도 내에서 10%를 세액공제해 주는 제도다. 정부는 고령층의 자산 구조가 부동산에 과도하게 편중된 점을 고려해 부동산 자산을 안정적인 연금 현금 흐름으로 전환하도록 유도하기 위해 2024년 도입했다.

그러나 실제 이용 실적이 저조하고 제도 실효성도 낮다고 판단해 종료를 결정했다. 기초연금 수급자를 대상으로 하는 제도인 데다 양도세가 부과되는 실거래가 12억원 이상 주택 거래 자체가 많지 않아 혜택을 받을 수 있는 대상이 제한적이었다는 분석이다.

정부는 기업의 운동경기부와 이(e)스포츠 경기부 설치·운영에 대한 세액공제 특례도 종료하고 재정사업으로 전환한다. 현재 육상 등 종목의 운동경기부를 설치한 내국법인은 3년간 운영비용의 10%를 세액공제받을 수 있다. 장애인 운동경기부는 5년간 운영비용의 20%를 공제받는다. e스포츠 경기부를 설치한 내국법인도 3년간 운영비용의 10%를 세액공제받고 있다.

정부는 적자 기업처럼 법인세를 내지 않는 기업은 세액공제 혜택을 받을 수 없다는 점을 고려해 지원 방식을 재설계하기로 했다. 세액공제보다 재정지출 방식이 정책 효과를 높일 수 있다는 판단이다. 다만 올해 12월 31일 이전에 설치한 운동경기부 등에 대해서는 기존 규정을 적용한다.

e스포츠 대회 운영비용에 대한 세액공제도 재정사업으로 전환된다. 현재 수도권 외 지역에서 e스포츠 대회를 개최하는 내국법인은 운영비용의 10%를 법인세에서 공제받을 수 있다. 이 특례는 올해 말 종료된다.

영구임대주택 난방용역에 대한 부가가치세 면제도 올해 말 종료된다. 정부는 난방비 지원을 에너지바우처 등 재정사업을 통한 지원 방식으로 통합할 방침이다. 부가가치세는 간접세로 소비자가 부담하는 세금이다. 그동안 영구임대주택 난방용역에 부가가치세를 면제해왔지만 앞으로는 세제 지원 대신 재정사업을 통해 난방비를 지원하는 방식으로 전환한다.

전기·수소를 사용하는 시내버스와 농어촌버스, 마을버스 공급에 대한 부가가치세 면제도 종료 시점이 앞당겨진다. 애초 2028년 말까지 적용할 예정이었지만 올해 말 종료하고 재정지출 방식으로 전환한다. 이밖에 도서지역의 통행·운송과 관련한 간접세 면제 등 일부 조세특례도 일몰 이후 재정사업으로 전환된다.