비거주 1주택자 종부세 공제 9억 인하 백지화…현행 12억 유지

정부, 세제개편안 국무회의 통과…3일 국회 제출
여당 요구 절반만 수용…거주자와는 2억 차등 존치

경기도 하남시 검단산 정상에서 한 남성이 서울 강동구와 광진구 일대 아파트 단지를 바라보는 모습. 2026.6.6. 홍준표 기자

비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제가 9억원으로 낮아지지 않는다. 정부는 지난달 3일 세제개편안을 발표하며 9억원으로 축소하겠다고 밝힌 지 29일 만에 현행 12억원 수준으로 되돌렸다.

재정경제부는 1일 이재명 대통령 주재 국무회의에서 이 같은 내용을 담은 '2026년 세제개편안' 정부안을 확정했다고 밝혔다. 종합부동산세법과 소득세법 등 11개 세법 개정법률안은 오는 3일 국회에 제출돼 정기국회 심사를 받는다.

정부는 그간 '실거주 원칙'을 앞세워 실거주 1주택자의 기본공제는 높이고 비거주 1주택자는 낮추는 방향으로 세법 개정안에 차등을 뒀다. 그러나 이사가 잦고 전세가 보편화한 국내 주거 현실을 고려하면 비거주자에게 지나치게 가혹한 세 부담이라는 지적이 발표 이후 이어졌다. 특히 더불어민주당 김민석 대표 선출 이후 여당 내에서 실거주 여부에 따른 과세 차등을 완화해야 한다는 요구가 거세졌다. 여당은 지난달 23일 고위당정협의회에서 1주택자에 대해 거주·비거주 구분 자체를 두지 말자고 정부에 요구했다.

정부는 지난달 부처협의와 입법예고, 차관회의를 거쳐 이날 국무회의에서 절충안을 확정했다. 여당 요구를 전부 수용하지는 않았다. 거주 1주택자의 기본공제는 애초 발표대로 12억원에서 14억원으로 올리고, 비거주 1주택자는 9억원으로 낮추려던 계획만 철회해 현행 12억원을 유지했다. 거주자와 비거주자의 공제액 차이는 당초 계획했던 5억원에서 2억원으로 좁혀졌지만, 차등 자체는 남았다.

부부 공동명의 1주택자의 경우도 거주 시 공제액은 각 9억원으로 그대로 두고, 비거주 시 공제액은 당초 각 4억원에서 6억원으로 올렸다. 부부 합산 기준으로는 12억원 수준이다. 재경부는 이 같은 수정 이유에 대해 "1세대 1주택자 및 부부 공동명의 1주택자의 종합부동산세 부담을 조정한다"고 밝혔다.

주택분·토지분 종합부동산세의 세부담 상한율도 150%에서 200%로 올리는 방안이 검토됐으나, 최종안에서는 현행 150%로 확정됐다.

이 밖에 개인종합자산관리계좌(ISA)는 계약기간과 납입한도, 일몰기한을 모두 현행대로 유지하고 청년형 ISA와 청년미래적금의 중복 가입을 허용하기로 했다. 신설되는 생산적금융 ISA도 계약기간 제한과 일몰기한을 없애는 등 지원 범위를 넓혔다.

지방 이전·특구 입주에 따른 세제지원 환류 의무 이행 기간은 투자를 시작한 과세연도부터 감면기간 마지막 과세연도까지로 조정됐고, 보험판매업자와 방문판매업자, 음료품배달원은 간편장부대상자 여부와 관계없이 인적용역 사업소득 원천징수세율 3%를 그대로 적용받는다.

상장주식 평가방법 개선 방안은 이번 개편안에 담기지 않았다.

정부는 당정 협의 등 의견 수렴 절차를 거쳐 정기국회 심사 과정에서 합리적인 방안을 마련하겠다고 밝혔다.