지방 R&D·투자 세액공제, 수도권보다 최대 1.5배

중기 취업 청년 소득세 감면기간 지방은 최장 10년
지방이전 세제혜택엔 환류의무 등 사후관리 강화

구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난달 30일 세종시 정부세종청사 중앙동 브리핑룸에서 열린 '2026년 세제개편안' 상세브리핑에서 모두발언을 하고 있다. 2026.7.30. 재경부 제공

정부가 지방 주도 성장을 뒷받침하기 위해 연구개발(R＆D)과 투자, 청년 고용, 창업 등 세제 전반에 지역 우대 체계를 도입한다. 수도권보다 지방 기업의 세 부담을 낮추고, 인구감소지역에는 추가 혜택을 부여해 기업 투자와 일자리 창출을 유도하겠다는 취지다.

3일 재정경제부에 따르면 연구개발비 세액공제와 통합투자세액공제에는 지역별 우대계수가 새로 적용된다. 수도권은 1.0을 기준으로 하고, 비수도권 광역시는 1.1, 일반 비수도권은 1.3, 인구감소지역 등 우대지역은 최대 1.5의 계수를 적용해 세제 지원을 확대한다.

조만희 재경부 세제실장은 "공제율에 지역계수를 적용하면 지방 기업일수록 세제 혜택이 커지는 구조"라며 "수도권 안에서도 접경지역이나 인구감소지역은 별도 우대계수를 적용할 계획"이라고 설명했다.

청년 취업에 대한 세제 지원도 지역별 차등 체계로 개편된다. 중소기업에 취업한 청년은 현행 소득세 90% 감면을 유지하면서 지방일수록 감면 기간이 늘어난다. 우대지역 취업자는 최대 10년까지 세제 혜택을 받을 수 있다. 60세 이상 고령자와 장애인 등에 대한 소득세 감면도 확대돼, 현행 70%인 감면율을 지역 여건에 따라 최대 90%까지 높여 지방 기업의 인력 확보를 지원한다.

기업의 지방 이전을 유도하기 위한 지원도 강화된다. 수도권에서 비수도권으로 이전한 기업이 근로자에게 지급하는 이주수당은 3년간 근로소득세 비과세 혜택을 유지하고, 우대지역 이전 기업은 월 50만원까지 비과세 한도를 확대한다. 고향사랑기부금 세제지원도 지방 중심으로 개편돼, 10만원까지는 기존처럼 전액 세액공제를 유지하고 10만~20만원과 20만~2천만원 구간은 인구감소지역 등 우대지역일수록 공제율을 높인다.

창업중소기업 세액감면 제도도 손질돼 기존 수도권·비수도권 2단계 체계를 비수도권 중심의 3단계로 세분화한다. 정부는 지방 이전 기업에 대한 사후관리도 대폭 강화하기로 했다. 세제 혜택을 받은 기업은 감면받은 세액의 30% 이상을 해당 지역의 투자와 연구개발, 고용 확대 또는 상생기금 출연 등에 다시 사용해야 한다. 이를 이행하지 않으면 감면 세액을 추징한다. 지방으로 이전한 뒤 다시 수도권으로 복귀하거나, 세제 혜택을 받으면서 고용을 축소한 기업은 특례 적용 대상에서 제외한다.

지방 부동산 활성화를 위한 지원책도 포함됐다. 현재 인구감소지역에 한정된 '세컨드홈' 세제 특례는 광역시를 제외한 비수도권 전역으로 확대된다.

벤처기업 지원도 지역 중심으로 강화된다. 벤처기업 세제지원 업력 요건을 완화하는 동시에 인구감소지역과 인구감소관심지역에 소재한 기업에는 추가 세액공제를 적용해 지방 창업 생태계 활성화를 뒷받침할 계획이다.