195억원 세금 공방 한국사학진흥재단, 1심 승소

재단 운영의 공공성 강조한 법원 “대구국세청의 법인세 처분은 부당” 

2014년 대구 혁신도시로 이전한 한국사학진흥재단이 대구국세청(동대구세무서)과 벌인 200억여원의 법인세 부과 취소 소송에서 승소했다.

대구지법 제2행정부(부장판사 원호신)는 최근 동대구세무서가 사학진흥재단을 상대로 부과한 법인세 193억6천만원을 취소할 것을 판결했다. 사학진흥재단에 들어오는 이자소득이 그대로 사학진흥기금으로 들어가 융자사업 재원으로 사용되는만큼 수익성이 없고 과세 대상이 될 수 없다는 것이 재판부의 판단이다.

2016년 5월 동대구세무서는 사학진흥재단을 대상으로 세무조사를 벌여 2011년 사업연도 귀속 법인세 56억8천만원 등 193억6천만원의 법인세를 부과했다. 사학진흥재단이 전년도 이자소득을 사학진흥기금에 편입해 재융자하는 것은 수익사업에 해당된다는 이유에서였다. 비영리법인의 경우 고유 목적사업으로 발생한 소득은 비과세가 원칙이지만, 그외 수익사업에서 발생한 소득에는 법인세가 부과된다.

세무당국은 재단측이 정부로부터 기금 재원을 차입할때 적용한 ‘조달금리’보다 사립학교 등에 적용한 ‘대출금리’가 높다는 점에 주목했다. 실제로 재단측이 2015년 말 예대 금리 차이로 누적된 이익 잉여금은 2015년 기준 3천억원에 이르렀다. 이는 그해 사학진흥기금 전체 1조3천920억원의 20%를 차지했다.

이에 맞서 사학진흥재단은 법인세 취소 심판청구와 소송을 제기했다. 교육부의 감독과 통제를 받는 대출사업은 수익성이 없는 재단의 고유목적사업이라는 것. 사학진흥재단은 사립대 등을 대상으로 행복기숙사 등 교육용 시설 개선 사업에 필요한 자금을 저리로 장기간 융자하는 교육부 산하 비영리 공적법인이다. 사학진흥재단은 법인세 부과가 적절하지 않다며 지난해 2월 조세심판원에 낸 심판청구가 기각되자 동대구세무서를 상대로 행정소송을 제기했다.

재판부는 “재단이 벌어들인 이자소득이 곧바로 사학진흥기금으로 적립되므로 이자 소득은 고유목적사업에 ‘지출’된다고 보는 게 타당하다”며 “사학진흥기금은 고유목적사업사업을 위한 재원이므로 기금 조성에는 수익성이 있다고 볼 수 없다”고 밝혔다.